Blipmap備忘録 Day1

VPS立て直したのでやり直してます．

はじめに

半年ほど前に，こんなのを書きました．

» blipmap進捗の話 | nesotech https://neso.tech/blog/blipmap_progress

👆を書いたのが10月で，いまこれを書いているのが4月．
ここでも軽く触れた ように半年の間にもVPSをリセットしたりを何度か繰り返しました．
なので，今回の構築は最初からになります，というお話．
動機やBlipmapが何？という話は省略します．
あと，前回と似たような作業は軽めに．

というわけで作業一日目についてのエントリです．

ベースディレクトリの設定

/home/neso/blipmap というディレクトリを作って進めた．

  $ mkdir /home/neso/blipmap
  $ echo "export BASEDIR=/home/neso/blipmap" >> ~/.bashrc

プログラム群のダウンロード

http://www.drjack.info/RASP/DOWNLOAD からなんやかんやで👇を落としてきて解凍する．

  • rasp_scripts.tar.gz
  • rasp_ncl.tar.gz
  • drjack_utils.tar.gz
  • wrf_execs.tar.gz
  • wrfsi_misc.tar.gz
  • wrfsi_gui.tar.gz
  • rasp_region.sw_southafrica.tar.gz

Perl環境とかのセットアップ

$ sudo apt install libproc-background-perl perl-tk curl gzip zip imagemagick mailutils

シンボリックリンクとか環境変数とかよしなにする

$ sudo ln -s $BASEDIR/UTIL/NETCDF /usr/local/netcdf  
$ vim ~/.bashrc
  //export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/MYBASEDIR/UTIL/PGI  
  //export NETCDF=/MYBASEDIR/UTIL/NETCDF  
  //export NCARG_ROOT=/MYBASEDIR/UTIL/NCARG  
  //export NCL_COMMAND=$NCARG_ROOT/bin/ncl  
  //export PATH=$PATH:/MYBASEDIR/UTIL
  //を追記．

足りないライブラリファイルを持ってくる

前回はubuntuのアーカイブからサルベージしてきたけど，ドキュメントよくみたら，一緒に用意してくれてたんだよな... 

  $ sudo cp $BASEDIR/UTIL/NCARG/libg2c.so.0 /usr/lib

GRIBディレクトリ作成

$ mkdir $BASEDIR/RASP/RUN/GFSN/GRIB

TEMPLATEから使うやつをつくる

$ cd $BASEDIR/WRF/wrfsi/extdata/static
$ cp grib_prep.nl.TEMPLATE grib_prep.nl
$ perl -pi -w -e "\$bdir = \"$BASEDIR\"; s/\/home\/admin\/DRJACK/\$bdir/g;" $BASEDIR/WRF/wrfsi/domains/REGIONXYZ/static/wrfsi.nl
$ cd $BASEDIR/WRF/NCL
$ cp rasp.ncl.region.data.TEMPLATE rasp.ncl.region.data
$ for i in *.TEMPLATE; do cp $i ${i/.TEMPLATE/}; done
$ cd BASEDIR/RASP/RUN
$ cp rasp.run.parameters.SW_SOUTHAFRICA.TEMPLATE rasp.run.parameters.SW_SOUTHAFRICA  
$ cp rasp.site.parameters.TEMPLATE rasp.site.parameters
$ vim rasp.site.parameters 
  //$ADMIN_EMAIL_ADDRESS にメールアドレスを追記

TestRunしてみる

$ $BASEDIR/RASP/RUN/run.rasp SW_SOUTHAFRICA

おそらくCan't locate ~~ in @INCとか出る

セキュリティ上の問題からPerl 5.26以降で @INCからカレントディレクトリが削除されてる影響でエラーが出るっぽい．

   $ sudo cp $BASEDIR/RASP/RUN/rasp.run.parameters.SW_SOUTHAFRICA /etc.perl  
   $ sudo cp $BASEDIR/RASP/RUN/rasp.site.parameters /etc/perl

おそらく今度は通るはず．ps axf | grep rasp | grep -v grep あたりで試してみるとよい．

座標指定やるやつ[未]

$ cd $BASEDIR/WRF/wrfsi/JACK  
$ ./edit.wrfsi.hardwired_basedirs.pl  
$ cd $BASEDIR/WRF/wrfsi/domains/SW_SOUTHAFRICA/static  
$ vim wrf.nl  
  //TIME_STEP = 180 あたりに設定．  
$ wrfsi.nl  
  //MOAD_DELTA_XとMOAD_DELTA_Yをメモしておく．  
$ mkdir $BASEDIR/WRF/WRFV2/RASP/SW_SOUTHAFRICA  
$ cp -dp $BASEDIR/WRF/WRFV2/RASP/em_real_linksonly/* $BASEDIR/WRF/WRFV"/RASP/SW_SOUTHAFRICA/
$ cp $BASEDIR/WRF/wrfsi/domains/SW_SOUTHAFRICA/static/wrf.nl $BASEDIR/WRF/WRFV2/RASP/SW_SOUTHAFRICA/namelist.template  
$ cd $BASEDIR/RASP/RUN  
$ cp  $BASEDIR/WRF/NCL
$ vim rasp.ncl.region.data  
  // ===SW_SOUTHAFRICAの項目で
      celsius  
      sounding1  
      KujuGP  
      33.034  
      131.233  
      souding2
      ShirakawaGP
      32.775  
      130.636  
//みたいなのを追記．

とりあえずここまで．

» ProgramGridCreation < RASPop < TWiki http://www.drjack.info/twiki/bin/view/RASPop/ProgramGridCreation
» NewRegion < RASPop < TWiki http://www.drjack.info/twiki/bin/view/RASPop/NewRegion

ところでifortが必要らしい[未]

$ i gcc* glib* libstdc* libgcc* build-essential linux-headers-4.9.0.6-amd64

👇このへんからアカウントを作成したりシリアルコードをアカウントにregisterしたりして，インストーラーをダウンロードしてくる．

» Qualify for Free Software | Intel® Software https://software.intel.com/en-us/qualify-for-free-software
.tgzで落ちてくるので，tar -xvzf hoge.tgzで解凍． 

$ tar -xvzf parallel_studio_xe_2018_update2_cluster_edition_online.tgz
$ cd parallel_studio_xe_2018_update2_cluster_edition_online
$ ./install.sh 
  //基本的に[default]に従えばおｋ．  

このあとパスを通す作業が残ってる（まだやってない）．

二度あることはサードある，ということで備忘録に書きました．

Day2に続く．

参考

» WebHome < RASPop < TWiki http://www.drjack.info/twiki/bin/view/RASPop/
» Laboratory of Theoretical Medicinal Chemistry & Drug Design Department of Chemistry, Rikkyo (St. Paul's) University http://www2.rikkyo.ac.jp/~tokiwa/menu/bioLib/compiler/intel/intel_fortran.html
» Qualify for Free Software | Intel® Software https://software.intel.com/en-us/qualify-for-free-software

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